潔凈室要求墻壁管道系統可容納較多的管道、電力設施。潔凈室設計要求氣閘能幫助較小化和防止可能影響工作流程的壓力變化。因為潔凈室內可能存在大量灰塵、污垢顆粒、有害化學物質和其他污染物等。

潔凈室設計要求在可能的情況下更換絕緣材料并在必要時安裝電力技術。讓潔凈室管理人員進行靜態審核以識別潛在問題以及可能導致問題的原因非常重要。潔凈室設計要做好溫濕度控制，因為潔凈室實驗需要控制溫濕度以防止腐蝕、防止工作面冷凝，并減少放電。

潔凈室要求給潔凈室加壓，使潔凈室保持在大氣壓的靜壓下，并設置空氣壓力梯度，使空氣從清潔區域向非清潔區域流動。（注：正壓差在一種情況下有所例外：即蒸鍍機構在處理某些有害物質時要求房間處于負壓）。潔凈實驗室設計要求必須安裝HEPA過濾器，這對于控制污染至關重要。潔凈實驗室設計時，預先考慮和計算好機械設備占用面積很重要，在設計階段，要秉持靈活性原則，為未來發展需要做好準備，這樣的實驗室設計方案更利于進一步的擴張和修改，以及添加新設備和工具。湍流通風潔凈室：在這種潔凈室設計中，房間通過天花板上的空氣擴散器接收清潔的過濾空氣，與室內空氣混合，然后由人和機器產生的空氣污染物被墻壁底部的空氣凈化裝置清除。單向流潔凈室：在這種潔凈室設計中，高效過濾器安裝在整個天花板或墻壁上，為房間提供空氣。以單向方式掃過房間，它從地板上流出，清除房間內的空氣污染物。?這兩種類型的房間都使用了空氣凈化裝置，在有潔凈需要的局部區域（比如工作流程中容易受到污染的區域）提供過濾空氣。