有機大米在生產加工過程中絕對禁止使用農藥、化肥、激素等人工合成物質，并且不允許使用基因工程技術;綠色大米則允許有限使用這些物質，并且不禁止使用基因工程技術。

有機大米在土地生產轉型方面有嚴格規定，考慮到某些物質在環境中會殘留相當一段時間，土地從生產其它食品到生產有機大米需要兩到三年的轉換期，而綠色大米則沒有轉換期的要求。有機大米在數量上進行嚴格控制，要求定地塊、定產量，生產其它大米沒有如此嚴格的要求。

按照國際慣例，有機食品標志認證一次有效許可期為一年，一年期滿后可申請“保證認證”，通過檢查、審核合格后方可繼續使用有機食品標志。綠色大米、有機大米都注重生產過程的管理，綠色大米側重對影響產品質量因素的控制，有機大米側重對影響環境質量因素的控制。