超級電容器使用的注意事項包括：超級電容器具有固定的極性。在使用前，應確認極性。超級電容器應在標稱電壓下使用。當電容器電壓超過標稱電壓時，將會導致電解液分解，同時電容器會發熱，容量下降，而且內阻增加，壽命縮短。超級電容器不可應用于高頻率充放電的電路中。高頻率的快速充放電會導致電容器內部發熱，容量衰減，內阻增加。外界環境溫度對于超級電容器的壽命有著重要的影響。因此超級電容器應盡量遠離熱源。當超級電容器被用做后備電源時，由于超級電容器具有內阻較大的特點，在放電的瞬間存在電壓降。

超級電容器不可處于相對濕度大于85%或含有有毒氣體的環境中，這些環境下會導致引線及電容器殼體腐蝕，引起斷路。超級電容器不能置于高溫、高濕的環境中，應盡量在溫度-30～50℃、相對濕度小于60%的環境下儲存，且應避免溫度驟升驟降，因為這樣會導致產品損壞。

當超級電容器用于雙面電路板上，需要注意連接處不可經過電容器可觸及的地方，由于超級電容器的安裝方式，會導致短路現象。當把電容器焊接在線路板上時，不可將電容器殼體接觸到線路板上，不然焊接物會滲入至電容器穿線孔內，對電容器性能產生影響。